Les cours d’eau sont les véritables artères du territoire, ils écoulent les bassins versants et jouent un rôle crucial dans l’équilibre des écosystèmes.
La Pointe Médoc compte 580 km de cours d'eau au titre de la Loi sur l'Eau.
Tous les cours d'eau se jettent dans l'Estuaire.
Connaitre la réglementation concernant les cours d'eau
Les chenaux principaux du territoire sont, du Nord au Sud :
- Le Chenal du Logit, dont l'exutoire est au Port aux huîtres au Verdon-sur-Mer,
- Le Chenal du Conseiller,
- Le Chenal de Neyran,
- Le Chenal de Talais, dont l'exutoire se situe au Port de Talais,
- Le Chenal du Gua, dont l'exutoire se situe au Port de Saint-Vivien,
- Le Chenal Neuf (ou Petit Chenal du Gua),
- Le Chenal de Charmail,
- Le Chenal de Richard, dont l'exutoire se situe au Port de Richard,
- Le Petit Chenal de Guy, dont l'exutoire se situe au Port de Goulée,
- Le Grand Chenal de Guy, dont l'exutoire se situe au Port de Goulée,
- Le Chenal de Laména,
- Le Chenal de la Maréchale.
Ces différents chenaux traversent des zones de marais.